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《四部医典》的理论基础，归纳起来就是“隆”、“赤巴”、“培根”三大因素贯穿全书。
“隆”从中医角度来讲相当于“风”或“气”但其含义和功能比风和气更广。它的特性是轻、粗、寒、微、硬、动。主要功能是呼吸、肢体活动、精微运转和分解吸收、血液循环、五官的感觉、大小便排泄等身体的所有运动和思维感觉，根据所在部位和功能的不同，又可分为五种。分别为；
维命隆：音译"索增隆"。其主位在于头部大脑中间，主运行于咽喉部和胸部。主要功能是管理人体的吞咽、呼吸、唾液分泌等生理运动和智力功能及五官的生理功能，还维持着人体正常的精神状态。
上行隆：音译"前久隆"。其主位在于人体的胸部，主运行于鼻部、舌头和喉头部位。主要功能是管理人体的发音、体力功能和肤色以及记忆能力。
遍行隆：音译"恰启隆"。其主位在于心脏，运行于全身。主要功能是管理人体的血液循环、四肢活动、眼睛及口唇的闭合等生理功能。
主消化和精微吸收的隆，音译"米娘隆"。其主位在于人体的胃脘部位，运行于体内的各脏腑器官之间。主管人体的消化机能，负责把食物中的精华和糟粕分离，并促使饮食精微、血液等七大物质基础的生成。
下泄隆：音译"吐塞隆"。其主位在于人体肚剂眼以下的下半部位，运行于肠道、膀胱、会阴等及大腿内。主管男性精液分泌、女性经血分泌、大小便排泄、妇女分娩等生理功能。
“赤巴”相当于中医的“火“，但其含义和作用比“火”更广。它的特性是腻、锐、热、轻、臭、泄、湿。主要功能是产生热能、维持体温、消化食物、荣润肤色，立七大物质的颜色，壮胆和生智等。根据体内分部和功能的不同，也分为等五种。分别为；
消化赤巴：音译"赤巴久杰"。其主位在于胃肠之间，主要功能是消化食物，协助把食物中的精华和糟粕加以分解，产生身体热能，并促使其他四种“赤巴”的作用机能发挥正常的生理作用。
调色赤巴：音译"赤巴当觉"。其主位在于人体的肝脏，主要功能是调节血、肉、脂肪等的颜色等。
欲成赤巴：音译"赤巴朱杰"。其主位在于心脏部位，主要功能是主宰人的精神及意识各种欲望等。
能视赤巴：音译"赤巴通杰"。其主位在于人的眼睛部位，主要功能是主宰人体的视觉，使人能看到周围的物体，并辨别其颜色。
明色赤巴：音译"赤巴朵塞"。其主位在于人的皮肤各层，主要功能是主宰人体的皮肤颜色。
“培根”相当于中医的“水”或“土”，但其作用与含义也更广。特性是腻、凉、重、钝、稳、柔、粘。其主要功能是巩固身躯、稳定思维、产生睡意和胃液、增强胃肠蠕动、促进食物消化、保持关节间的滑润并调节体内的水分运转等。根据分部和作用的不同，也分为五种。分别为；
根基培根：音译“培根旦杰”。其主位在于胸腔中，主要功能是一切“培根”的作用机能和生理功能运行正常的依附基础。
消化培根：音译“培根娘杰”。其主位在于胃的上部，实为“胃液”，主要功能是分解进入胃内的食物，使食物变成粥样的食糜状态，促使其进一步消化和吸收。
感味培根：音译“培根娘杰”。其主位在于舌头的部位，主要功能是主宰人的味觉功能。
饱足培根：音译“培根兹木杰”。其主位在于头部，主要功能是主宰人的知足感、满意感等心理和精神情绪。
润滑培根：音译“培根觉杰”。主要分布于人体各个关节部位，实为分部于各个关节部位的“黄水”，主要功能是润滑关节主，确保各个关节伸屈活动等活动功能。
藏医药学认为，隆、赤巴、培根三者个有其生理功能，但并非彼此孤立，而是彼此有机地密切配合，协调一致，共同完成其生理活动。在正常条件下，三大因素保持平衡，起着主宰支配人体正常生理活动的功能。一旦三大因素失调，则导致人体出现疾病，随着三者变化的胜衰不一，疾病的类型、部位、轻重安危也随之不一，此时三大因素又起着病理机质功能的作用。